La institución se creó oficialmente el 29 de diciembre de 1978, tras escindirse del Servicio Agrícola Ganadero SAG, para abordar exclusivamente las labores abocadas a la actividad pesquera.
El 29 de diciembre de 1978 se creó el SERNAP, cuando la División de Protección Pesquera se separó del Servicio Agrícola y Ganadero. Comenzó con una Dirección Nacional, siete unidades y direcciones regionales atendiendo por macrozona, en total 70 funcionarios. Luego, tras la publicación de la primera Ley de Pesca en 1991, se generó una primera gran reestructuración, se aumentó la dotación, presupuesto, y se establecieron nuevas funciones en el marco del desarrollo tecnológico, los nuevos desafíos ambientales y las exigencias de un comercio internacional dinámico y globalizado.
En 1995, se le denominó por primera vez Sernapesca, dada la constante confusión ciudadana con el SERNAC y el SERNAM. Y recién en 2012, se modificó el logo institucional con su nombre actual: Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura.
En enero de 2014, se generó una nueva reestructuración con departamentos y subdirecciones, estructura que se mantiene hasta la fecha. Hoy, a 40 años de su creación, Sernapesca cuenta con más de mil funcionarios y está presente en las 16 regiones del país, a través de 46 oficinas provinciales y comunales, en las que se incluyen también 2 insulares.
Claudio Báez, director regional de la institución fiscalizadora, señaló que “cuarenta años de historia, cuarenta años de vivencias, proyectos y oportunidades son relevante para el Sernapesca y para los ciudadanos del país, que requieren muchos años más de compromiso con la misión de contribuir a la sustentabilidad del sector pesquero y acuícola y a la protección de los recursos hidrobiológicos a través de una fiscalización integral. Esperamos seguir avanzando en el fortalecimiento y modernización de nuestra institución para entregar un servicio de excelencia a nuestros usuarios facilitando el cumplimiento normativo y así mismo impulsando procedimientos de inspección de calidad e inocuidad alimentaria para ampliar y ratificar la expansión de mercados internacionales que van en directo beneficio del país y de los agentes exportadores”.
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